Le jeune Tetsuro Hoshino ne rêve que d'être transformé en homme-robot pour acquérir l'immortalité. Il quitte pour cela Mégalopolis pour s'embarquer à bord du 999, le train spatial. C'est à son insu dans une fabuleuse quête qu'il se lance à travers l'espace et des mondes dont il n'a jamais rêvé.
Ce merveilleux long métrage de deux heures réunit tous les ingrédients qui ont fait le succès du monde crée par Leiji Matsumoto et conclut la célèbre série de même nom. Outre Esméraldas, la femme pirate, Alfred (Tochiro) et l'Atlantis (Arcadia), vous y retrouverez Albator (Captain Harlock) pour la premiere fois dans un long-métrage.